دپارتمان گردشگری دینی برنامه‌های ملی و بین‌المللی پژوهش‌محور و فرهنگ‌محور را برای پژوهشگران، زائران و علاقه‌مندان ترتیب می‌دهد. برنامه‌های داخلی شامل بازدیدهای سازمان‌یافته از زیارتگاه امام رضا (ع) در مشهد، حرم حضرت معصومه (س) در قم، آتشکده‌های زرتشتی یزد و مجموعه‌های کلیسایی ارامنان در شمال‌غرب کشور است که برای گردشگران خارجی با راهنمایان چندزبانه و نشست‌های تبیینی علمی طراحی می‌شود. مقاصد بین‌المللی منتخب نیز شامل هند، نپال و تبت، واتیکان و رم، و کشورهایی چون ارمنستان و گرجستان می‌باشد. هر برنامه با همکاری متخصصان محلی و دانشگاهی ترکیبی از بازدیدهای هدفمند، کارگاه‌های آموزشی و گفت‌وگوهای فرهنگی ارائه می‌دهد تا تجربه‌ای پژوهشی، آگاهانه و اخلاق‌محور فراهم آید.